Penelope wurde im Jahre 2175 zum erst mal aktiviert, seit dem Tag an, lebt sie ein recht menschliches Leben auf dem Mars. Sie Arbeitet seit dem Tag an auch als Polizistin und verdient sich so ihren unterhalt. Ihr erster und richtiger Erschaffer, Dr. Asakura hat sich nach der Fertigstellung von Penelope zurückgezogen. Er entwickelte immer mehr Roboter und wurde nach und nach verrückt.
2179 : Der Mars ist überlagert von Maschinen, die den Menschen die Arbeit nehmen. Penelope hat die Aufgabe bekommen, René D’anclaude, was Penelope nicht weiß, das sein Erschaffer ein guter Freund von ihrem Erschaffer, Dr. Asakura ist. Sie soll René finden und ihn vernichten. Dazu bekommt sie Ross Sylibus, einen Polizisten von der Erde, zur Seite gestellt. Ross und Penelope können sich von Anfang an nicht leiden, da er sich bei einer Ausführung zur Verhaftung von René einmischte und er, dem Mord an seinen Arbeitskollegen, keiner Maschine mehr traut. Was Ross jedoch noch nicht weiß, das Penelope auch eine Maschine ist, er kann Penelope anfangs nur nicht leiden, weil sie sich für die Maschinen einsetzt. Jedoch werde die beiden notgedrungen zusammen arbeiten müssen, um den Fall René D’anclaude zu lösen.
Nach einigen Morden die Renés Maschinen auf den gewissen haben, bricht Panik auf dem Mars aus. Jegliche Maschinen werden von den Menschen verbrannt. Wären Ross sich Infos bei Kollegen über die Third holt, bekommt Penelope eine Liste der Third, von einer guten Freundin, die gerade von den Menschen verbrannt wird. Bei jedem Treffen von Penelope und Ross, endet dieses im Streit, da Ross immer wieder sagt, das er die Maschinen nicht leiden kann, was Penelope immer wieder sehr verletzt. Wären Penelope die Infos verarbeitet, stößt Ross auf ein der maschinellen Klone von René. Penelope greift kurz drauf ein und vernichtet Renés Klon, sie will aber noch von ihm wissen, warum sie erschaffen wurde (Humens don’t want me, then why’d they createt me?), bevor sie ihn ausschaltetet.. Nun findet Ross raus, das Penelope eine Maschine ist. Sie will nicht das er’s weiß, und taucht erst mal unter. Ross versucht Penelope zu finden, was ihm nach einiger Zeit geling.
Nachdem sich Ross und Penelope vertragen haben, suchen sie gemeinsam Pluto (Julien Moore) auf, der noch weitere Infos für Penelope hat. Doch bevor er Penelope die Infos geben kann, werden sie erneut von einem Klon von René angegriffen. Bei diesem Kampf wird Ross schwer verletzt, nachdem er noch was zu der gehenden Penelope sagt, dreht sie sich um und küsst ihn, nun muss sich Ross eingestehen, das er sich in Penelope verliebt hat. Julien und Penelope machen sich auf den Weg, damit sie weitere Infos bekommt. Julien speist sich, um Penelope die Infos zu geben, in einen Computer ein, wobei er von René infiziert wird. Julien versucht nun Penelope umzubringen, doch Penelope kann gerade noch im rechten Moment Julien wiederholen, doch René bringt ihn dann um, was sich Penelope mit ansehen musste. Der letzte männliche Third wurde umgebracht. Nachdem Ross und Penelope, Julien beerdigt haben, entschließen sie sich nun auf eigenen Faust weiter zu machen.
Die beiden machen sich dann auf die Suche nach dem richtigen René, welchen sie schnell finden. Er sagt ihnen dann, wo sie Penelopes Erschaffer finden. Ross und Penelope machen sich dann auch gleich auf den Weg, Dr. Asakura zu finden. Nachdem sie ihn gefunden haben, muss Penelope feststellen das sie nur eine fehlkonstuktion war. Penelope will das nicht war haben und sucht erst mal einen ruhigen Ort. Ross folgt ihr und die beiden kommen sich dann immer näher, fangen was miteinander an. Nachdem sie zurück zum Erschaffer von Penelope gehen, wird ihm der Krieg erklärt. Doch bevor er umgebracht wird, deaktiviert er Penelope und vervollständigt sie. Nachdem Ross und Penelope wieder gegangen waren, wurde das Labor in die Luft gejagt. Penelope will zurück, doch Ross hält sie auf. Nachdem sie ihm sagte das sie ihn Lieben würde, zog er mit ihr in den Krieg, sie vernichteten die Maschinen die das Labor angriffen und wollten dann ein neues leben zu dritt anfangen.
Doch daraus wurde nichts. Penelope wurde, 5 Monate nach dem Attentat deaktiviert, das Kind in ihr auch, dies konnte nur geschehen, weil es halb Mensch halb Maschine war. Man versteckte Penelope in einem Unterirdischen Bau, in der Hoffnung das sie nie wieder aktiviert wird.
2389 : Cain Katsumoto fand Penelope nach Jahren wieder, und entschloss sich sie zu aktiveren, was anfangs keine gute Idee war. Penelopes Erinnerungen trieben sie dazu an, erneut in den KKampf zu ziehen, das Kind in ihr wurde auch wieder zum Leben erweckt. Cain musste sie wieder deaktivieren um einige Änderungen an ihr vorzunehmen. Als erstes nahm er ihr das Kind, jedoch deaktivierte er es, damit sie es wieder bekommen kann. Danach nahm er ihr ihre Gefühle und sie anderes ein, so das sie mehr eine Maschine als ein Mensch war. Zum Schluss nahm er ihr dann noch die Fähigkeit Kinder zu bekommen. Danach aktivierte er sie wieder. Diesmal ging es gut. Er brachte ihr einige Sachen bei und schickte sie dann los, ihren eigenen Weg zu gehen.
2380 : Sie meldete sich bei der Sternenflotte und war dort erst mal nur als Zivilistin gemeldet, später machte sie einen Ausbildung zur Sicherheitlerin auf der USS Nightmare. Nachdem sie dort fünf Jahre war und keine Lust mehr hatte, meldete sie sich auf der USS Phoenix.
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